一、制氫成本較高。目前我國制氫純度較高的方式分別是化學制作和電解水，但是這兩種制氫技術的成本都比較高，且利用率也未達理想狀態。而工業副產的大量氫氣，目前也存在提純難度大等問題。

二、安全系數有待提升。有關專家認為，氫氣本身非常容易爆炸，而氫燃料動力電池在碰撞的過程中，如何保證其安全性，防止嚴重的事故發生，也是值得深思的問題。

三、基礎設施建設還待完善。有業內人士指出，為更好地保證氫氣在分配、儲存、運輸等環節的順利進行，目前我國還需進一步加大在基礎設施建設方面的投入。相較于電動汽車充電樁的建設，加氫站在加氫技術和建設要求上也更具難度。

四、技術優勢不明顯。我國科學院院士歐陽明高曾表示，目前我國制氫使用的還是一百年前的技術。據悉，美國和日本在燃料動力電池產業的投入已持續半個世紀，技術和工程化基礎相對牢固，當前我國在關鍵環節的研發力度還有待加強。特別是在膜電極和雙極板等方面的設計上，與國外成熟的技術體系還存在一些差距，而假如大量依靠進口，則不利于生產成本的控制。

五、產業化進程較慢。目前我國氫燃料動力電池缺乏明確的技術方向，這也導致了很多公司和資本短時間內對其保持觀望的態度。關于氫燃料動力電池可能存在的技術風險，部分公司在擴產規劃上也比較謹慎。這就造成了眼下氫燃料動力電池行業熱度很高，但產業化推進速度較為緩慢。

同時，有關氫燃料動力電池輸出受限因素多、高壓儲氫罐研發難度大、零部件國產化程度低、是否具備產業化條件以及如何回收利用等問題，也是當前我國氫燃料動力電池在成長道路上亟待解決的問題。