衰老

與其它充電電池不同，鋰離子電池的容量會緩慢衰退，與使用次數無關，而與溫度有關。機制是內阻逐漸升高，所以，在工作電流高的電子產品更容易體現。

回收率較高

大約有1%的出廠新品因種種原因要回收。

不耐受過充

過充電時，過量嵌入的鋰離子會永久固定于晶格中，無法再釋放，可導致電池壽命縮短。

不耐受過放

過放電時(電壓小于3.0V時放電)，電極脫嵌過多鋰離子，可導致晶格坍塌，從而縮短壽命。

電池成本較高

重要表現在正極材料LiCoO2的價格高（Co的資源較少），電解質體系提純困難。

不能大電流放電

由于有機電解質體系等原因，電池內阻相對其他類電池大。故要求較小的放電電流密度，一般放電電流在0.5C以下，只適合于中小電流的電器使用。

要保護線路控制

過充保護：電池過充將破壞正極結構而影響性能和壽命；同時過充電使電解液分解，內部壓力過高而導致漏液等問題；故必須在4.1V-4.2V的恒壓下充電；

過放保護：過放會導致活性物質的恢復困難，故也要有保護線路控制。

錯誤使用存在安全隱患

由于鋰離子電池組成物質非常活躍，若使用錯誤將會出現電解液分解、燃燒甚至爆炸的重大事故。

低溫性能低

低溫下電池性能明顯惡化，放電平臺下降、輸出功率減小、可用電量衰減等。

其他缺點

排氣孔、隔膜一旦激活，將使電池永久失效。不同放電倍率對電池的可用容量影響較大。