優點

燃料動力電池對環境無污染。它是通過電化學反應，而不是采用燃燒（汽、柴油）或儲能（蓄電池）方式－－最典型的傳統后備電源方法。燃燒會釋放象COx、NOx、SOx氣體和粉塵等污染物。如上所述，燃料動力電池只會出現水和熱。假如氫是通過可再生能源出現的（光伏電池板、風能發電等），整個循環就是徹底的不出現有害物質排放的過程。

燃料動力電池運行安靜，噪聲大約只有55dB，相當于人們正常交談的水平。這使得燃料動力電池適合于室內安裝，或是在室外對噪聲有限制的地方。

燃料動力電池的發電效率可以達到50%以上，這是由燃料動力電池的轉換性質決定的，直接將化學能轉換為電能，不要經過熱能和機械能（發電機）的中間變換。

不足

氫氣不像氮氣和氧氣是空氣中的最重要組成元素，想得到氫氣可以通過電解水，但這可是個不太經濟的方法，能量損失極大。此法先從電解水開始，耗費電能，出現氫氣，氫氣再發電過程中還會有能量損失。目前最好的電解水系統的能量轉化率只有80%，并不怎么高效。

再來看甲烷轉化氫氣方面，蒸汽要加熱到700-1000攝氏度，然后與甲烷結合生成氫氣和一氧化碳，以及少量二氧化碳，美國有95%的氫氣通過這種方法來制造。甲烷轉化雖然要更劃算，但卻會造成污染。有研究顯示，甲烷基礎設施的泄露情況比原先想象的還糟糕（最高達7%）。而作為溫室氣體，甲烷的溫室效應是二氧化碳的86倍。假如你想要一輛百分百環保的燃料動力電池汽車，就必須以不造成污染的方式來制造氫氣，這并不容易。